Al modificar el simulador YAKS, la idea fue que éste acepte, a través de un socket TCP/IP, el mismo protocolo que los robots Khepera reales para el control remoto vía serie o radio.
Cada comando está formado por una letra que identifica el comando (que puede estar precedida por un modificador), una lista de parámetros que dependen de cada comando y un carácter de fin de línea. El simulador envía siempre una respuesta por cada comando recibido exitosamente. Si el comando es inválido, el simulador devuelve el mensaje Command not found.
La siguiente tabla contiene la lista de comandos aceptados por el simulador y la respuesta asociada.
| Comando | Significado | Respuesta |
| N | Leer los sensores de proximidad | n,<s0>,<s1>,<s2>,<s3>, <s4>,<s5>,<s6>,<s7> 0 <= sn <= 1024 |
| O | Leer los sensores de luminosidad | o,<s0>,<s1>,<s2>,<s3>, <s4>,<s5>,<s6>,<s7> 0 <= sn <= 1024 |
| D,<left>,<right> -10 <= left, right <= 10 |
Asignar velocidades a las ruedas | d |
| E | Leer las velocidades de las ruedas | e,<left>,<right> -10 <= left,right <= 10 |
| G,<left>,<right> | Asignas valores a los encoders de las ruedas | g |
| H | Leer los encoders de las ruedas | h,<left>,<right> |
| *<num> | Cambia el robot activo | *<num> |
| #E | Lee el sensor de energía | #e,<energy> 0 <= energy <= 1 |
| #G | Verifica si el robot se encuentra dentro de una zona | #g,<ground> ground = 0 o 1 |
| #C | Lee el compas |
#c,<compass> |